Para el año 2000 ya contaba con una población de más de 417.000 personas en todo el cantón y durante el transcurso de la década inició un proceso de recuperación del su patrimonio, en especial en el Centro Histórico, y también se inició un proceso de modernización. Las remesas enviadas por los inmigrantes también han tenido un fuerte impacto, tanto positivo como negativo, en la ciudad, en especial en la parte rural.
Durante los siguientes años, Cuenca también se va consolidando como un atractivo turístico internacional. El 12 de abril de 2007, en el ambiente creado por la celebración de los 450 años de fundación de la ciudad, y como parte de la agenda de la reunión de los Alcaldes de la Red de Ciudades Patrimoniales, Universitarias y Saludables; Mirta Roses Periago, entonces directora de la Organización Panamericana de la Salud, declaró a Cuenca como ciudad saludable. Además, en enero de 2011, Cuenca fue declarada por la Asamblea Nacional del Ecuador como una ciudad universitaria.
Se considera que Cuenca es una de las ciudades del Ecuador con mayor calidad de vida del país, lo que ha atraído retirados de EEUU, Canadá y Europa.
