La ciudad, particularmente en su zona histórica y central, conserva su trazado en cuadras perpendiculares o endamero, propio de los cánones urbanísticos españoles de la época de su fundación. Su Centro Histórico está constituido por una ciudad de aires coloniales, pero que es, en verdad, republicana, pues la mayoría de sus atractivas construcciones proceden del siglo XIX. Hay también algunas edificaciones del siglo XVIII, sobre todo los dos conventos de clausura, el de El Carmen y el de la Inmaculada Concepción, parte de la antigua Catedral, y unas pocas casas particulares, y el conjunto está constituido por 26 edificios de valor monumental, 602 de valor arquitectónico y 830 de valor ambiental. Según el documento de la UNESCO, se reconoce en Cuenca "la belleza de su centro histórico, con un tipo particular de arquitectura republicana" y "la armonía que guarda con su entorno geográfico".
En la actualidad, Cuenca es una de las ciudades que tiene una de las más altas coberturas de servicios básicos, tanto en los sectores rural y urbano, en relación con el resto del Ecuador y de otras ciudades de la región. Por ejemplo, el agua potable y el alcantarillado llegan al 97.5% por ciento de la población urbana y al 93% de la población rural. El pueblo vive el conflicto entre la modernización y la conservación de su patrimonio arquitectónico y urbanístico que le dio méritos para su declaratoria por la UNESCO como Patrimonio Cultural de la Humanidad, en algunas calles los adoquines antiguos fueron cambiados por pavimento moderno, y algunas casas coloniales y muchos talleres y negocios tradicionales como carpinterías, panaderías a base de horno de leña, tiendas de sombreros, entre otros, están siendo sustituidos por edificaciones modernas y negocios de servicios, restaurantes, internet, cabinas telefónicas, cuya estética amenaza desdibujar la imagen y el encanto tradicional de la ciudad, afectada también, como muchas urbes modernas, por el creciente tráfico vehicular y la consiguiente contaminación ambiental, especialmente de ruido. Sin embargo el municipio y sus propios habitantes aún logran cuidar y mantener su patrimonio.
